常州市儿童医院感染科正式成立于2014年，是常州地区唯一的儿童感染性疾病专科，承担着常州地区感染性疾病及传染性疾病的医疗救治任务。
感染科现设有感染科病房、感染专科性门诊、发热门诊、手足口病门诊、预防接种咨询门诊。感染科现核定床位数45张，目前团队有主任医师2名，副主任医师2名，主治医师3名，住院医师1名，副主任护师2名，主管护师、护师14人。
感染科主要收治各类病原体引起的感染性疾病，常见有：各类病原体引起的社区获得性肺炎、败血症、脓毒症、EBV感染、CMV感染、轮状病毒性胃肠炎、细菌性痢疾、手足口病、疱疹性咽峡炎；以及脑炎脑膜炎、结核病；还有发热代查以及多重耐药菌感染等疑难危重病例。多年来收治各种复杂及难治性感染，对各种不同免疫状态人群的感染的临床经验性判断与治疗、特殊感染的综合治疗以及抗生素合理应用等方面积累了一定的经验。科室注重病原学的诊断，注重开展微生物标本的涂片、培养、PCR、以及二代测序等项目检测，力求达到目标治疗，实现感染性疾病的精准治疗。科室注重抗菌药物管理，参与全院抗菌药物MTD活动，指导全院其他科室的抗菌药物的合理应用。
感染科同时是常州地区重症手足口病、重症流感、腺病毒肺炎及儿童结核病定点收治单位。科室成立至今，已成功救治重症手足口病数百余例。2023年常州市儿童医院被定为儿童结核病防治定点医院。
2019年起开设江苏省首家针对特殊健康儿童的预防接种咨询门诊，开设3年余来，已为近万余名特殊健康儿童进行了疫苗接种指导，很好地解决了这类特殊健康儿童预防接种的窘境。
新院区有独立的感染楼，具备各类传染病诊治条件，同时具备应对突发传染病公共卫生事件的处置条件。
科室注重临床、科研、教学协同发展，承担着南通大学、苏州大学的临床教学及实习、见习任务。推广临床新进展，共举办3次省级继教班及2次市级继教班，如市级《重症手足口病诊治进展》学习班、市级《儿童感染性疾病诊治新进展》、省级《儿童EBV感染及相关疾病进展》、省级《手足口病新进展研讨班》，参与人数达800余人。同时承担每年的传染病院内培训。
